札幌神社の創建は、明治２年９月１月に、東京の宝田町（現在の皇居外苑）に置かれていた神祇官（古代の律令制で設置された祭祀を司る機関で、明治政府の発足と共に再興されました）の庁舎で斎行された「北海道鎮座神祭」にまで遡る事ができます。戊辰戦争終結後、政府は蝦夷地を北海道と改称し、北海道の開拓と行政を担当する「開拓使」という新たな機関（省と同格の中央官庁の一つ）を新設したのですが、開拓使長官以下の官吏を現地に赴任させるのに先立って、まずは東京にて、北海道鎮座神祭を斎行したのです。
　この神祭の趣旨は、その時に奏上された祝詞や宣命によれば、「叛徒（旧幕府軍）の平定を告げて、北海道に浦安な平安を願い、荒ぶる神の働きが帰攘される事を希求し、五穀作物の繁栄を願い、官人の北海道差向を告げる」もので、祝詞の内容としては神社の創建を奏上している訳ではないものの、この神祭は、北海道の開拓と北海道に於ける神社創建の出発点に位置付けられる、極めて重要な神事でした。
　そのため、当日は勅使（天皇陛下のお遣い）として宮内権大丞四辻公賀の差遣があり、また開拓使からは長官の東久世通禧以下２３人の官吏らが参列し、斎主は神祇伯中山忠能が務めました。そして、この神祭で明治天皇の勅旨により降神されたのが「開拓三神」と称される、大国魂神（おおくにたまのかみ）・大那牟遅神（おおなむちのかみ）・少彦名神（すくなひこなのかみ）の三柱の神様でした（現在北海道神宮本殿でお祀りしている御祭神四柱のうちの、明治天皇を除く三柱です）。